生物信息学AI工具合集 - 提升科研效率和洞察力
Awesome Single Cell: 单细胞分析的综合资源列表
社区精心策划的单细胞分析软件包和数据资源列表,包括RNA-seq、ATAC-seq等技术
UGENE: 开源跨平台生物信息学软件工具包
UGENE是一款功能强大的开源生物信息学软件,为分子生物学研究提供了丰富的分析工具和直观的用户界面,广泛应用于DNA/RNA序列分析、基因组注释、多序列比对等领域。
Sarek: 强大的生物信息学流程实现基因变异分析
Sarek是一款由nf-core社区开发的高效生物信息学流程,用于从全基因组或靶向测序数据中检测基因组变异。它支持多种生物样本类型,集成了从原始测序数据处理到变异注释的全流程,是进行基因组学研究的强大工具。
Arvados: 开源的生物医学大数据管理与分析平台
Arvados是一个开源的平台，用于管理、处理和共享基因组学和其他大型科学及生物医学数据。它为生物信息学家、开发人员和IT管理员提供了强大的工具，用于运行和扩展计算密集型工作流程、创建生物医学应用程序以及管理大规模计算和存储资源。
LightDock:一个基于GSO算法的多尺度蛋白质对接 框架
LightDock是一个开源的蛋白质-蛋白质、蛋白质-肽段和蛋白质-DNA对接计算框架,基于萤火虫群优化(GSO)算法,能够灵活处理多种分子对接任务并支持多种评分函数。
Chromap: 快速处理染色质数据的对齐与预处理工具
Chromap是一款专门用于高通量染色质测序数据的超快速比对和预处理工具。它能够高效处理ChIP-seq、ATAC-seq和Hi-C等染色质相关数据,大大提高了分析效率。
Foldcomp: 高效压缩和索引蛋白质结构的创新工具
Foldcomp是一种新型的蛋白质结构压缩算法和索引系统，可以有效地压缩和处理大规模的蛋白质结构数据。它通过编码骨架和侧链的扭转角来实现高效压缩，显著减少了存储空间需求，同时保持了结构信息的准确性。
ColabFold：让蛋白质折叠预测触手可及
ColabFold是一个基于Google Colab的开源工具,它结合了MMseqs2的快速同源搜索和AlphaFold2或RoseTTAFold的蛋白质结构预测能力,使蛋白质折叠预测变得简单易用。本文将全面介绍ColabFold的功能、使用方法及最新进展。
DNABERT-2:高效的多物种基因组基础模型与评估基准
DNABERT-2是一个在大规模多物种基因组上训练的基础模型,在28个基因组理解任务上达到了最先进的性能。它通过多项技术创新提高了DNABERT的效率和效果,为基因组分析提供了强大的工具。
AlphaFold: 革命性的蛋白质结构预测工具
AlphaFold是由DeepMind开发的人工智能系统,能够以前所未有的准确度预测蛋白质的三维结构,为生物学和医学研究带来重大突破。
BioCypher: 为生物医学知识图谱提供统一框架
BioCypher是一个创新的框架,旨在简化和统一生物医学知识图谱的创建和维护过程,为研究人员提供强大而灵活的工具来构建和分析复杂的生物医学数据。
AlphaFold 3的PyTorch实现:蛋白质结构预测的突破性进展
本文深入探讨了AlphaFold 3的PyTorch实现,介绍了这一突破性的蛋白质结构预测模型的关键技术细节和实现方法,为研究者和开发者提供了宝贵的参考。
Protpardelle: 一个革命性的全原子蛋白质生成模型
Protpardelle 是一个基于扩散模型的全原子蛋白质生成模型，能够实现蛋白质结构的高精度设计和预测。本文将详细介绍 Protpardelle 的工作原理、应用场景以及其在蛋白质工程领域的重要意义。
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