pytorch_scatter

pytorch_scatter

优化分散操作的 PyTorch 扩展库

该扩展库为PyTorch提供了高效的稀疏更新和分段操作,包含scatter、segment_coo和segment_csr,支持sum、mean、min和max等归约方式。操作可适用于不同数据类型,并支持CPU和GPU。复合功能包括scatter_std、scatter_logsumexp、scatter_softmax和scatter_log_softmax。安装过程简单,适用于各大操作系统和PyTorch/CUDA组合。

PyTorch数据处理高性能计算CPUGPUGithub开源项目

PyTorch Scatter 项目介绍

项目概述

PyTorch Scatter 是一个专为 PyTorch 设计的小型扩展库,提供了高度优化的稀疏更新操作,如 scatter 和 segment 操作。这些操作通常用于根据给定的“组索引”张量进行的归约运算。尤其是在 PyTorch 主包缺少这些功能的情况下,PyTorch Scatter 能够填补这一空白。

scatter 和 segment 操作是这套库的核心。segment 操作需要“组索引”张量是排序的,而 scatter 操作则没有此要求。该库支持多种归约类型,包括"sum""mean""min""max"

除了基本的 scatter 和 segment 功能外,库中还提供了一些更高级的复合函数,例如 scatter_stdscatter_logsumexpscatter_softmaxscatter_log_softmax

功能特点

  • 高效性:所有操作均经过高度优化。
  • 多平台支持:支持 CPU 和 GPU,并提供相应的后向实现。
  • 数据类型兼容性:可以处理多种数据类型。
  • 可追溯性:实现了完整的可追溯功能。
  • 可广播性:支持广播操作。

安装指南

使用 Anaconda 安装

用户可以通过 Anaconda 升级部署 pytorch-scatter,这支持所有主流的操作系统、PyTorch 和 CUDA 组合。确保您已经安装了 pytorch >= 1.8.0,然后运行:

conda install pytorch-scatter -c pyg

二进制安装

此外,pytorch-scatter 提供了适用于所有主流 OS、PyTorch 和 CUDA 组合的 pip 安装轮包。例如,要为 PyTorch 2.5.0 安装二进制文件,运行:

pip install torch-scatter -f https://data.pyg.org/whl/torch-2.5.0+${CUDA}.html

${CUDA} 可以替换为 cpucu118cu121 或者 cu124,具体取决于您的 PyTorch 安装。

从源码安装

如果选择从源码安装,请确保至少安装了 PyTorch 1.4.0,并确保您的环境变量中 cuda/bincuda/include 路径正确设置。然后运行:

pip install torch-scatter

使用实例

以下是一个简单的使用示例:

import torch from torch_scatter import scatter_max src = torch.tensor([[2, 0, 1, 4, 3], [0, 2, 1, 3, 4]]) index = torch.tensor([[4, 5, 4, 2, 3], [0, 0, 2, 2, 1]]) out, argmax = scatter_max(src, index, dim=-1) print(out) # 输出: # tensor([[0, 0, 4, 3, 2, 0], # [2, 4, 3, 0, 0, 0]]) print(argmax) # 输出: # tensor([[5, 5, 3, 4, 0, 1] # [1, 4, 3, 5, 5, 5]])

运行测试

运行以下命令以执行项目的单元测试:

pytest

C++ API

PyTorch Scatter 也提供了 C++ API,包含与 Python 模型等效的 C++ 实现。若要使用 C++ API,需要将 TorchLib 添加到 -DCMAKE_PREFIX_PATH 中。例如,如果通过 conda 安装,它可能位于 {CONDA}/lib/python{X.X}/site-packages/torch

mkdir build cd build # 如需支持 CUDA,请添加 -DWITH_CUDA=on cmake -DCMAKE_PREFIX_PATH="..." .. make make install

通过使用 PyTorch Scatter,开发者可以更轻松地实现高效的稀疏操作,使 PyTorch 项目更加强大和灵活。

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