为你的 nifti 文件制作 GIF

通过一个简单的命令，从你的 nifti（.nii 或 .nii.gz）文件创建精美的 GIF：

gif_your_nifti /path/to/data.nii

入门

依赖项

包	测试版本
NumPy	1.14.2
NiBabel	2.2.1
matplotlib	2.2.0
imageio	2.2.0
scikit-image	0.13.0

安装

最快的方法是直接从 GitHub 安装：

pip install git+https://github.com/miykael/gif_your_nifti.git

或者，导航到仓库的主页并克隆它。然后，切换到克隆的仓库目录并运行：

pip install .  # 如果你不进行修改
# 或
pip install -r requirements.txt  # 如果你是开发者

Docker

使用以下命令构建 Docker 容器：

docker build -t gif_your_nifti .

使用 Docker 运行：

docker run --rm -v /path/to/nifti/:/data gif_your_nifti:latest /data/image.nii

示例

对于以下示例，我下载了 ICBM 2009c 非线性非对称并使用了其中的 T1 和灰质模板。

你也可以使用自己的大脑图像，如下所示。唯一需要确保的是你的大脑图像具有正确的方向。你可以使用 FSL 命令 fslreorient2std my_brain.nii my_brain.nii 根据 MNI 模板标准重新定向你的 NIfTI 图像。

灰度 GIF

要创建简单的灰度 GIF，在命令行中输入以下命令：

gif_your_nifti /path/to/mni_icbm152_t1_tal_nlin_asym_09c.nii

伪彩色 GIF

要创建伪彩色 GIF，在命令行中输入以下命令：

gif_your_nifti /path/to/Me_2014.nii --mode pseudocolor --cmap plasma

颜色映射可以是任何来自 matplotlib 颜色映射的颜色映射。

深度 GIF

要创建深度 GIF，在命令行中输入以下命令：

gif_your_nifti /path/to/mni_icbm152_t1_tal_nlin_asym_09c.nii --mode depth

图像以颜色显示下一个切片的值。如果颜色略微偏红或偏蓝，则表示下一个切片上的值更亮或更暗。因此，它在 GIF 中编码了某种深度信息。

RGB GIF

要创建红蓝绿（RGB）GIF，在命令行中输入以下命令：

gif_your_nifti /path/to/gm.nii /path/to/wm.nii /path/to/csf.nii --mode rgb

此图像将第一个 NIfTI 文件的值作为其红色，第二个 NIfTI 文件作为其绿色，第三个 NIfTI 作为其蓝色。

调整 GIF 大小

也可以通过在上述任何函数中更改 size 参数来改变 GIF 的大小。以下是将图像调整为原始大小的 50% 的示例：

gif_your_nifti /path/to/mni_icbm152_gm_tal_nlin_asym_09c.nii --size 0.5
gif_your_nifti /path/to/mni_icbm152_gm_tal_nlin_asym_09c.nii --size 0.5 --mode pseudocolor --cmap cubehelix
gif_your_nifti /path/to/mni_icbm152_gm_tal_nlin_asym_09c.nii --size 0.5 --mode pseudocolor --cmap inferno
gif_your_nifti /path/to/mni_icbm152_gm_tal_nlin_asym_09c.nii --size 0.5 --mode pseudocolor --cmap viridis

更改 GIF 的大小也会更改每秒帧数参数，以保持整体速度不变。这意味着，如果你有一个原始大小的 GIF，每秒 20 帧（fps），将大小更改为 50% 会导致较小的 GIF 以 10 fps 运行，这样两者完成一个循环所需的时间相同。