jupyterlab-github

jupyterlab-github

JupyterLab扩展实现直接浏览和使用GitHub仓库

jupyterlab-github为JupyterLab提供了一个新的文件浏览器标签,允许直接访问GitHub仓库。用户可以浏览组织和个人仓库,打开并运行文件,包括笔记本和文本文件。这个扩展简化了从GitHub获取代码和数据的过程,提高了开发效率,但不包括完整的GitHub功能。它为数据科学家和开发者提供了一种在JupyterLab环境中便捷使用GitHub资源的方法。

JupyterLabGitHub扩展仓库访问文件浏览器Github开源项目

JupyterLab GitHub

Binder

一个用于访问GitHub仓库的JupyterLab扩展。

这个扩展的功能

安装此扩展后,JupyterLab左侧区域将添加一个额外的文件浏览器标签。这个文件浏览器允许您选择GitHub组织和用户,浏览他们的仓库,并打开这些仓库中的文件。如果这些文件是笔记本,您可以像运行其他笔记本一样运行它们。您还可以将内核附加到文本文件并运行它们。基本上,您应该能够打开仓库中JupyterLab可以处理的任何文件。

以下是插件在GitHub上打开这个文件的截图: gitception

这个扩展不提供的功能

这不是一个提供完整GitHub访问功能的扩展,如保存文件、提交更改、复刻仓库等。要实现这些功能,它需要或多或少地重新创造GitHub网站,这将大大增加扩展的复杂性。

关于速率限制的说明

此扩展既有客户端组件(即与JupyterLab打包的JavaScript),也有服务器端组件(即添加到Jupyter服务器的Python代码)。这个扩展在没有服务器扩展的情况下也能工作,但有一个主要缺点:当向GitHub发出未经认证的请求时(我们必须这样做以获取仓库数据),GitHub对我们可以发出的请求数量施加了相当严格的速率限制。因此,您可能在几分钟的工作后就会达到这个限制。然后您将不得不等待最多一小时才能重新获得访问权限。

因此,我们建议您花时间和精力同时设置服务器扩展和实验室扩展,这将允许您访问更高的速率限制。这个过程在安装部分有描述。

先决条件

  • JupyterLab > 3.0
  • 服务器扩展需要GitHub账户

安装

如上所述,这个扩展既有服务器扩展,也有实验室扩展。从PyPI安装时,默认会安装这两个扩展,但如果您使用JupyterLab的扩展管理器,可能只安装了实验室扩展。

我们建议完成以下步骤以避免受到速率限制。服务器扩展的目的是添加您需要从https://github.com/settings/developers 获取的GitHub凭据,然后代理您对GitHub的请求。

对于3版本以前的JupyterLab,请参阅2.x分支上的说明。

1. 安装服务器和预构建的实验室扩展

JupyterLab 4.x

要安装服务器扩展和(预构建的)实验室扩展,在终端中输入以下命令:

pip install jupyterlab-github

JupyterLab 3.x

我们需要将扩展版本固定为3.0.1以使其在JupyterLab 3.x上工作。

pip install 'jupyterlab-github==3.0.1'

重启JupyterLab后,扩展应该能够工作,您可以亲身体验被速率限制的乐趣!

2. 从GitHub获取凭据

从GitHub获取凭据有两种方法: (1) 您可以获取访问令牌,(2) 您可以注册OAuth应用。 不推荐第二种方法,将在未来版本中移除。

获取访问令牌(推荐

您可以按照以下步骤获取访问令牌:

  1. 验证您的GitHub电子邮件地址。
  2. 进入GitHub上的账户设置,从左侧面板选择"Developer Settings"。
  3. 在左侧,选择"Personal access tokens"。
  4. 点击"Generate new token"按钮,并输入您的密码。
  5. 给令牌一个描述,并勾选"repo"范围复选框。
  6. 点击"Generate token"。
  7. 您将得到一个字符串,这就是您的访问令牌。 请记住,这个令牌实际上是您GitHub账户的密码。 切勿在网上分享或将令牌存入版本控制系统中,因为他人可以利用它访问您在GitHub上的所有数据。

设置OAuth应用程序(已弃用)

这种与GitHub认证的方法已被弃用,将在未来的版本中移除。 新用户应使用访问令牌方法。 您可以按照以下步骤在GitHub上注册OAuth应用程序:

  1. 登录您的GitHub账户。
  2. 前往https://github.com/settings/developers,并选择左侧的"OAuth Apps"选项卡。
  3. 点击"New OAuth App"按钮。
  4. 在表单中填写名称、主页URL、描述和回调URL。 这个扩展实际上并不使用OAuth,所以这些值实际上并不重要, 您只需要输入它们来注册应用程序。
  5. 点击"Register application"按钮。
  6. 您应该会被带到一个显示新应用程序信息的新页面。 如果您看到显示"Client ID"和"Client Secret"的字段,恭喜您! 这些就是我们需要的字符串,您已成功设置了应用程序。

需要注意的是,"Client Secret"字符串顾名思义是一个秘密。 切勿在网上分享这个值,因为他人可能会利用它在GitHub上冒充您。

3. 启用和配置服务器扩展

如果您使用pip安装,服务器扩展将在新的JupyterLab安装中默认启用。 如果您使用JupyterLab中的扩展管理器,请卸载扩展并按照第(1)点的说明重新安装。

通过以下命令确认服务器扩展已安装并启用:

jupyter server extension list

您应该看到以下内容:

- Validating jupyterlab_github...
     jupyterlab_github 4.0.0 OK

在一些较旧的安装(例如旧版JupyterHub)中使用jupyter notebook服务器而不是新的jupyter-server,扩展需要显示在旧的serverextensions列表中(注意:server和extension之间没有空格):

jupyter serverextension list

如果扩展未启用,请运行:

jupyter server extension enable jupyterlab_github

或者如果使用旧版notebook服务器:

jupyter serverextension enable jupyterlab_github

现在您需要将从GitHub获得的凭证添加到服务器配置文件中。生成配置文件的说明可以在这里找到。 一旦您找到了这个文件,请在其中添加以下行:

c.GitHubConfig.access_token = '< YOUR_ACCESS_TOKEN >'

其中"< YOUR_ACCESS_TOKEN >"是您上面获得的字符串值。 如果您生成了OAuth应用程序,请输入以下内容:

c.GitHubConfig.client_id = '< YOUR_CLIENT_ID >' c.GitHubConfig.client_secret = '< YOUR_CLIENT_SECRET >'

其中"< YOUR_CLIENT_ID >"和"< YOUR_CLIENT_SECRET >"是您上面获得的应用程序值。

这样,您就完成了!启动JupyterLab并在左侧寻找GitHub选项卡!

自定义

您可以设置插件在启动时显示特定的仓库。 在设置菜单中打开"高级设置"编辑器, 在GitHub设置下添加

{ "defaultRepo": "owner/repository" }

其中owner是GitHub用户/组织, repository是您想要打开的仓库名称。

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