制作复杂热图 <a href="https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/"><img src="https://yellow-cdn.veclightyear.com/ab5030c0/69d2c7d6-8a2f-45e6-9f16-6da048056414.jpg" width=240 align="right" style="border:2px solid black;" ></a>

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复杂热图是一种有效的可视化方法，用于展示不同数据集之间的关联并揭示潜在模式。ComplexHeatmap包提供了一种高度灵活的方式来排列多个热图，并支持各种注释图形。

InteractiveComplexHeatmap包可以直接将静态复杂热图导出为交互式Shiny应用。快来试试吧！

引用

Zuguang Gu等，Complex heatmaps reveal patterns and correlations in multidimensional genomic data，Bioinformatics，2016。

Zuguang Gu。Complex Heatmap Visualization，iMeta，2022。

安装

ComplexHeatmap可在Bioconductor上获取，你可以通过以下方式安装：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ComplexHeatmap")

如果你想要最新版本，可以直接从GitHub安装：

library(devtools)
install_github("jokergoo/ComplexHeatmap")

使用方法

制作单个热图：

Heatmap(mat, ...)

带有列注释的单个热图：

ha = HeatmapAnnotation(df = anno1, anno_fun = anno2, ...)
Heatmap(mat, ..., top_annotation = ha)

制作热图列表：

Heatmap(mat1, ...) + Heatmap(mat2, ...)

制作热图列表和行注释：

ha = HeatmapAnnotation(df = anno1, anno_fun = anno2, ..., which = "row")
Heatmap(mat1, ...) + Heatmap(mat2, ...) + ha

文档

完整文档可在https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/获取，网站地址为https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap。

博客文章

以下博客文章关注特定主题：

• 制作3D热图
• 从pheatmap转换到ComplexHeatmap
• 在热图中设置单元格宽度/高度
• 交互式ComplexHeatmap
• 将词云作为热图注释
• 哪个热图函数更快？
• ComplexHeatmap中的栅格化
• 跨越多个切片的块注释
• 将ComplexHeatmap与cowplot包集成

示例

使用复杂注释可视化甲基化概况

甲基化、表达和其他基因组特征之间的相关性

可视化单细胞RNA测序的细胞异质性

制作增强版OncoPrint

UpSet图

<img src="https://yellow-cdn.veclightyear.com/ab5030c0/c9573fff-47ab-4094-8228-eabdcd78615f.png" width=500 />

3D热图

许可证

MIT @ Zuguang Gu