南非冠状病毒COVID-19(2019-nCoV)数据仓库

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南非冠状病毒COVID-19(2019-nCoV)数据仓库由比勒陀利亚大学的Data Science for Social Impact研究小组创建、维护和托管，该小组由Vukosi Marivate博士领导。

免责声明： 我们努力保持数据的准确性。我们从NICD和DoH收集COVID-19报告数据。只有在有官方报告或声明时我们才会更新数据。对于其他数据，我们努力保持数据尽可能准确。如果您发现错误，请提交拉取请求。

如果您将此仓库用于任何研究/开发/创新，请与我们联系（联系方式见下文）

查看我们的博客文章：

如果您对非洲范围内的努力感兴趣： 请访问 https://github.com/dsfsi/covid19africa

有关仓库每日更新的信息，请访问 https://twitter.com/vukosi/status/1239184086633242630?s=20

许可证

代码 | 数据

可用数据 [/data]

请注意，这些报告是国家卫生部或NICD发布的每日报告。报告的新增病例是基于新发布的阳性检测报告。然而，从患者接受检测到结果公布可能存在显著的时间延迟。例如，在2021年第1流行病学周（1月3-9日），每日公告中报告了约33,000例新增病例。然而，NICD 2021年第3周的检测总结报告（同时报告了前两周的情况）显示，2021年第1周的阳性检测数量为43,635例。这种差异是由于检测滞后造成的——每日公告中报告的33,000例病例中有一些实际上来自前几周，而在1月3-9日期间有大量人员接受了检测，但这些病例直到10日之后才被报告。在进行某些分析时需要考虑到这一点。

活跃数据集

数据集	链接	原始文件链接
省级累计确诊病例时间线	省级累计确诊病例时间线	provincial_cumulative_timeline_confirmed.csv
省级累计康复病例时间线	省级累计康复病例时间线	provincial_cumulative_timeline_recoveries.csv
省级累计检测时间线	省级累计检测时间线	provincial_cumulative_timeline_testing.csv
省级累计死亡病例时间线	省级累计死亡病例时间线	provincial_cumulative_timeline_deaths.csv
疫苗接种	新冠疫苗接种时间线	covid19za_timeline_vaccination.csv
死亡统计	新冠死亡统计时间线	covid19za_timeline_death_statistics.csv
传播类型	新冠传播类型时间线	covid19za_timeline_transmission_type.csv
检测	新冠检测时间线	covid19za_timeline_testing.csv
地区数据	地区数据
卫生部PDF文件和提取的CSV文件	doh_pdf
卫生部WhatsApp病例更新存档	doh_whatsapp
医疗设施数据[公立和私立]	南非医院系统数据v1	health_system_za_hospitals_v1.csv
NICD每日全国报告	nicd_daily_national_report	nicd_daily_national_report.csv
NICD医院监测数据	nicd_hospital_surveillance_data	nicd_hospital_surveillance_data.csv
SAMRC超额死亡省级数据	samrc_excess_deaths_province	samrc_excess_deaths_province.csv
苹果、谷歌、Facebook移动性数据	mobility

已废弃数据集

注意: 自2020年3月24日左右起，我们未从卫生部或NICD获得个案数据。目前如需省级统计数据，请使用省级累计时间线。对于截至2020年3月25日的个案数据，请使用确诊病例。

数据集	链接	原始文件链接
确诊病例* [更新至2020年3月25日]	新冠确诊病例时间线	covid19za_timeline_confirmed.csv
死亡病例	新冠死亡病例时间线	covid19za_timeline_deaths.csv

* NICD不再提供个案数据。2020年3月26日起请使用省级累计时间线。

仪表盘

Google Data Studio仪表盘网址链接

数据来源:

NICD - 南非网址
卫生部 - 南非主站, Twitter
南非政府媒体声明网址
国家卫生部数据字典网址
MedPages 网址
南非统计局网址

贡献

选项

我想提供帮助，但没有具体想法: 你可以查看issues列表，看看有哪些你感兴趣的任务可以处理。
我有想法或新功能: 首先创建一个新的issue，将其分配给自己，然后fork仓库。

认领文件

一旦你选择了贡献方式，你必须通过在adopt-a-file csv文件中添加你的名字来列出你将要处理的文件。编辑 covid19za_volunteer_adopted_file。

提交更改 [拉取请求]

参见 https://opensource.com/article/19/7/create-pull-request-github

资源 [获取一些想法]

贡献者

使用contributors-img制作。

参见 https://github.com/dsfsi/covid19za/graphs/contributors

联系方式

Vukosi Marivate - vukosi.marivate@cs.up.ac.za, @vukosi

引用数据集

在可视化/笔记本/网络应用中：

比勒陀利亚大学社会影响数据科学研究组，南非冠状病毒COVID-19（2019-nCoV）数据存储库。 可在以下网址获取：https://github.com/dsfsi/covid19za。

在出版物中

数据科学期刊

@article{marivate2020use, Author = {Vukosi Marivate and Herkulaas MvE Combrink}, Journal = {Data Science Journal}, Number = {1}, Pages = {1-7}, Title = {使用可用数据为南非COVID-19疫情提供信息：案例研究。}, Volume = {19}, Year = {2020}, url = {https://doi.org/10.5334/dsj-2020-019} }

以及数据集

@dataset{marivate_vukosi_2020_3819126, author = {Marivate, Vukosi和 Arbi, Riaz和 Combrink, Herkulaas和 de Waal, Alta和 Dryza, Henkho和 Egersdorfer, Derrick和 Garnett, Shaun和 Gordon, Brent和 Greyling, Lizel和 Lebogo, Ofentswe和 Mackie, Dave和 Merry, Bruce和 Mkhondwane, S'busiso和 Mokoatle, Mpho和 Moodley, Shivan和 Mtsweni, Jabu和 Mtsweni, Nompumelelo和 Myburgh, Paul和 Richter, Jannik和 Rikhotso, Vuthlari和 Rosen, Simon和 Sefara, Joseph和 van der Walt, Anelda和 van Heerden, Schalk和 Welsh, Jay和 Hazelhurst, Scott和 Petersen, Chad和 Mbuvha, Rendani和 Dhlamini, Nelisiwe和 James, Vaibhavi}, title = {{冠状病毒疾病（COVID-19）案例数据 - 南非}}, month = 3月, year = 2020, publisher = {Zenodo}, doi = {10.5281/zenodo.3819126}, url = {https://doi.org/10.5281/zenodo.3819126} }

展示

网络项目

下表显示了其他独立项目正在使用的南非COVID-19数据（本存储库中的数据）：

项目名称	项目描述	项目演示	项目负责人	国家
1. 南非新冠肺炎数据	与南非当前新冠肺炎疫情相关的数据可视化	[网站],[GitHub仓库]	Simon Rosen	南非
2. 新冠肺炎检测区域	新冠肺炎检测设施地图	[网站],[GitHub仓库]	Yannick Zehnder	瑞士
3. 新冠肺炎地图	冠状病毒地图	[网站] [GitHub仓库]	Jay Welsh	南非
4. 新冠肺炎Telegram机器人	通过Telegram提供冠状病毒统计数据	链接	CodeChap	南非
5. 新冠肺炎齐松加语仪表板	齐松加语仪表板	链接	xitsonga.org	南非
6. 医院应对新冠肺炎的能力	南非当地医院（私立和公立）的数据可视化地图	[地图可视化] ,[仓库]	Nompumelelo	南非
7. 新冠肺炎趋势	南非新冠肺炎分析仪表板	[网站] [仓库]	Schalk van Heerden	南非
8. 新冠肺炎文达语仪表板	文达语仪表板	链接	luvenda.com	南非
9. 我周围的医疗设施地图	显示我周围医院详细信息的地图，以应对新冠肺炎	[网页] , [GitHub仓库]	这些作者	南非
10. 基于R的交互式医疗设施地图	Afrimapr，使用R构建模块绘制医疗设施地图	[网页] [仓库]	Andy South博士	英国
11. 估算新冠肺炎的繁殖数	估算南非、其各省和其他国家的有效繁殖数	[网站]	Louis Rossouw	南非
12. 在省级水平上建模南非的新冠肺炎	使用报告的死亡人数和超额死亡人数在省级水平上建模南非的新冠肺炎	[网站]	Louis Rossouw	南非
13. 南非省级新冠肺炎可视化	在省级水平上可视化死亡、病例和康复数据以及移动性数据。此外，可视化每周病例变化情况。	[网站]	Christopher Marais	南非
14. 使用差分进化优化南非新冠肺炎的长期多株模型	使用差分进化（一种进化优化算法）进行数据拟合和参数估计。	[网站]	CJ Pretorius和MC du Plessis	南非