显微镜图像分割工具

基于Segment Anything构建的显微镜图像分割和跟踪工具。 只需几次点击即可交互式地对显微镜图像进行分割和跟踪！

我们实现了以下napari应用程序：

• 交互式2D分割（左图：交互式细胞分割）
• 交互式3D分割（中图：电子显微镜中的交互式线粒体分割）
• 2D图像数据的交互式跟踪（右图：交互式细胞跟踪）

<img src="https://github.com/computational-cell-analytics/micro-sam/assets/4263537/d04cb158-9f5b-4460-98cd-023c4f19cccd" width="256"> <img src="https://github.com/computational-cell-analytics/micro-sam/assets/4263537/dfca3d9b-dba5-440b-b0f9-72a0683ac410" width="256"> <img src="https://github.com/computational-cell-analytics/micro-sam/assets/4263537/aefbf99f-e73a-4125-bb49-2e6592367a64" width="256">

如果您在使用我们的工具时遇到任何问题或有任何疑问，请在Github上提出问题，或通过image.sc使用标签micro-sam并提及@constantinpape进行联系。

安装和使用

有关如何安装和使用micro_sam的详细信息，请查看文档。您也可以观看快速入门视频或所有视频教程。

贡献

我们欢迎新的贡献！

如果您有兴趣为micro-sam做出贡献，请参阅贡献指南。第一步是在新问题中讨论您的想法与当前的开发人员进行交流。

引用

如果您在研究中使用此存储库，请引用

• 我们的预印本
• 以及原始的Segment Anything论文。
• 如果您使用vit-tiny模型，请同时引用Mobile SAM。

相关项目

还有一些其他基于Segment Anything构建的napari插件：

• https://github.com/MIC-DKFZ/napari-sam（支持2D和3D）
• https://github.com/royerlab/napari-segment-anything（仅支持2D）
• https://github.com/hiroalchem/napari-SAM4IS

与这些相比，我们支持更多应用（2D、3D和跟踪），并为显微镜数据提供微调方法和微调模型。 WebKnossos也提供了SegmentAnything的集成，用于交互式分割。

版本概览

1.0.1版本新功能

使用稳定URL下载模型，并修复了自动分割中状态预计算的问题。

1.0.0版本新功能

此版本主要修复了之前版本的问题，并将napari用户界面标记为稳定版。

0.5.0版本新功能

此版本包含许多新功能和改进。最重要的变化有：

• 重新实现了标注工具。这些工具现在作为napari插件实现。
• 在标注工具中使用我们改进的自动实例分割功能，包括3D数据的自动分割。
• 新的小部件，用于从napari中使用微调和图像系列标注功能。
• 改进了光学显微镜和电子显微镜数据的微调模型，可通过bioimage.io获取。

0.4.1版本新功能

• 修复了图像系列标注器的bug。之前自动分割功能无法正常工作。

0.4.0版本新功能

• 显著改进了模型微调
• 更新了显微镜微调模型，详见文档中的详细信息
• 训练解码器以直接进行实例分割（目前尚未通过GUI提供）
• 使用pooch重构了模型下载功能

0.3.0版本新功能

• 支持椭圆和多边形提示
• 支持3D自动分割
• 重构训练并加快微调速度

0.2.1和0.2.2版本新功能

• 修复了0.2.0版本中新引入功能的多个bug。

0.2.0版本新功能

• 用于训练/微调和评估Segment Anything模型的功能
• 全面支持我们微调的segment anything模型
• 改进了2D标注器中的自动实例分割功能
• 以及其他一些小改进

0.1.1版本新功能

• 为显微镜微调的segment anything模型（实验性）
• 简化的实例分割菜单
• 清除标注的菜单

0.1.0版本新功能

• 我们在所有标注器中支持分块处理，以实现大型图像的处理。
• 实现新的自动实例分割功能：
  • 速度更快。
  • 支持交互式更新参数。
  • 通过利用分块嵌入，也适用于大型图像。
• 实现"图像系列标注器"，用于连续处理多张图像。
• 在预计算嵌入中使用数据哈希值，以在输入数据发生变化时发出警告。
• 创建简单的图形用户界面，用于选择要启动的标注器。
• 还进行了许多其他小改进并修复了错误。

0.0.2版本新功能

• 我们增加了对边界框提示的支持，在许多情况下比点提示提供更好的分割结果。
• 交互式跟踪现在使用更好的启发式方法来跨时间传播掩码，从而获得更好的自动跟踪结果。
• 并修复了几个小错误。