项目介绍：awesome-bioie
什么是BioIE？
BioIE（生物信息提取）是指从未结构化或结构化不一致的生物学、临床或其他生物医学数据中提取结构化信息的任何努力。这些数据通常来自技术语言撰写的一些文本文档集合。如果所提取的信息在多个来源中是一致且可验证的，这些信息可以被认为是“知识”。从生物数据中提取信息并生产知识，需要对其他类型未结构化数据的方法进行调整和适应。
随着语言模型如BERT和最近推出的大型语言模型（LLMs，例如GPT-3/4, LLAMA2/3, Gemini等）的引入，BioIE经历了巨大的变革。
项目目标
awesome-bioie项目旨在汇集与这一学科相关的优秀资源，主要集中在那些无需经济成本且许可要求有限的资源上。所收录的方法和数据集应该是公开可访问且持续维护的。
内容和结构
研究综述
项目提供了关于生物医学信息提取（IE）的各种研究综述，包括基于大型语言模型（LLMs）的最新进展和在LLMs之前的方法综述。这些综述涉及LLMs在医疗语言任务中的应用、研究全景和临床效用，以及这些模型应用中存在的伦理和监管挑战。
活跃的研究小组和组织
项目介绍了在BioIE领域内活跃的研究团体与组织。例如，波士顿儿童医院的自然语言处理实验室、Brown中美研究所的生物医学信息学中心等。这些组织各自在临床自然语言处理（NLP）与信息提取（IE）领域作出了重要贡献。
期刊和事件
BioIE的跨学科特性决定了研究人员可以通过多种途径分享他们的发现和工具，包括期刊文章、会议论文和预印本出版。项目列出了相关的期刊，如“Journal of Biomedical Informatics”和著名的会议如ISMB、PSB等。这些会议和活动为研究者提供了交流成果的平台。
教程和指南
项目提供了适合初学者和进阶研究者的教程和指南，旨在帮助用户快速掌握医疗和生物文本数据的挖掘技术。
代码库与工具
项目收录了多种免费开放的代码库和工具，例如Biopython、medaCy等，适用于不同的生物医学文本处理任务，还包括一些专用数据集的代码库。
技术和模型
项目展示了多个针对生物医学文本优化而定制的语言模型，如BioBERT、ClinicalBERT和SciBERT等。这些模型在生物医药信息提取中展示了很强的性能。
数据集与本体
项目收集了多种生物医学文本及注释数据集，如PubMed Central开放获取子集、BioScope等，并介绍了一些常用的生物医学本体和受控词汇。
参与方式
任何对这个领域有兴趣并愿意贡献资源的个人，欢迎阅读贡献指南并通过拉取请求的方式进行贡献。
总结
awesome-bioie项目为生物信息提取领域汇聚了丰富多样的资源，推动了未结构化生物医学数据的知识化进程，为研究人员提供了便利的工具和信息来源。通过对这些资源的开放分享与合作，该项目在不断促进这一领域的发展与创新。
编辑推荐精选
蛙蛙写作
AI小说写作助手，一站式润色、改写、扩写
蛙蛙写作—国内先进的AI写作平台，涵盖小说、学术、社交媒体等多场景。提供续写、改写、润色等功能，助力创作者高效优化写作流程。界面简洁,功能全面,适合各类写作者提升内容品质和工作效率。
Trae
字节跳动发布的AI编程神器IDE
Trae是一种自适应的集成开发环境（IDE），通过自动化和多元协作改变开发流程。利用Trae，团队能够更快速、精确地编写和部署代码，从而提高编程效率和项目交付速度。Trae具备上下文感知和代码自动完成功能，是提升开发效率的理想工具。
问小白
全能AI智能助手，随时解答生活与工作的多样问题
问小白，由元石科技研发的AI智能助手，快速准确地解答各种生活和工作问题，包括但不限于搜索、规划和社交互动，帮助用户在日常生活中提高效率，轻松管理个人事务。
Transly
实时语音翻译/同声传译工具
Transly是一个多场景的AI大语言模型驱动的同声传译、专业翻译助手，它拥有超精准的音频识别翻译能力，几乎零延迟的使用体验和支持多国语言可以让你带它走遍全球，无论你是留学生、商务人士、韩剧美剧爱好者，还是出国游玩、多国会议、跨国追星等等，都可以满足你所有需要同传的场景需求，线上线下通用，扫除语言障碍，让全世界的语言交流不再有国界。
讯飞智文
一键生成PPT和Word，让学习生活更轻松
讯飞智文是一个利用 AI 技术的项目，能够帮助用户生成 PPT 以及各类文档。无论是商业领域的市场分析报告、年度目标制定，还是学生群体的职业生涯规划、实习避坑指南，亦或是活动策划、旅游攻略等内容，它都能提供支持，帮助用户精准表达，轻松呈现各种信息。
讯飞星火
深度推理能力全新升级，全面对标OpenAI o1
科大讯飞的星火大模型，支持语言理解、知识问答和文本创作等多功能，适用于多种文件和业务场景，提升办公和日常生活的效率。讯飞星火是一个提供丰富智能服务的平台，涵盖科技资讯、图像创作、写作辅助、编程解答、科研文献解读等功能，能为不同需求的用户提供便捷高效的帮助，助力用户轻松获取信息、解决问题，满足多样化使用场景。
Spark-TTS
一种基于大语言模型的高效单流解耦语音令牌文本到语音合成模型
Spark-TTS 是一个基于 PyTorch 的开源文本到语音合成项目，由多个知名机构联合参与。该项目提供了高效的 LLM（大语言模型）驱动的语音合成方案，支持语音克隆和语音创建功能，可通过命令行界面（CLI）和 Web UI 两种方式使用。用户可以根据需求调整语音的性别、音高、速度等参数，生成高质量的语音。该项目适用于多种场景，如有声读物制作、智能语音助手开发等。
咔片PPT
AI助力，做PPT更简单！
咔片是一款轻量化在线演示设计工具，借助 AI 技术，实现从内容生成到智能设计的一站式 PPT 制作服务。支持多种文档格式导入生成 PPT，提供海量模板、智能美化、素材替换等功能，适用于销售、教师、学生等各类人群，能高效制作出高品质 PPT，满足不同场景演示需求。
讯飞绘文
选题、配图、成文，一站式创作，让内容运营更高效
讯飞绘文，一个AI集成平台，支持写作、选题、配图、排版和发布。高效生成适用于各类媒体的定制内容，加速品牌传播，提升内容营销效果。
材料星
专业的AI公文写作平台，公文写作神器
AI 材料星，专业的 AI 公文写作辅助平台，为体制内工作人员提供高效的公文写作解决方案。拥有海量公文文库、9 大核心 AI 功能，支持 30 + 文稿类型生成，助力快速完成领导讲话、工作总结、述职报告等材料，提升办公效率，是体制打工人的得力写作神器。
推荐工具精选
AI云服务特惠
懂AI专属折扣关注微信公众号
最新AI工具、AI资讯
独家AI资源、AI项目落地
微信扫一扫关注公众号