spectrum_utils

spectrum_utils 是一个用于高效质谱数据处理和可视化的 Python 包。

spectrum_utils 包含以下功能：

• 使用通用谱图标识符（USI）机制从在线蛋白质组学和代谢组学数据资源加载谱图。
• 经过计算效率优化的常见谱图处理操作（前体离子和噪声峰去除、强度过滤、强度缩放）。
• 使用 ProForma 2.0 规范对（修饰的）肽段形式的观测谱图片段进行注释。
• 出版质量的、完全可定制的谱图绘制和交互式谱图绘制。

安装

spectrum_utils 需要 Python 3.10+ 版本，可以使用 pip 或 conda 进行安装。

使用 pip：

pip install spectrum_utils[iplot]

使用 conda：

conda install -c bioconda spectrum_utils

文档

请查看文档以获取详细的安装说明、使用示例、API 参考和更多信息。

引用

spectrum_utils 作为开源软件在 Apache 2.0 许可下免费提供。

在使用 spectrum_utils 时，请引用以下文章：

• Wout Bittremieux. "spectrum_utils: A Python package for mass spectrometry data processing and visualization." Analytical Chemistry 92, 659--661 (2020) doi:10.1021/acs.analchem.9b04884。
• Wout Bittremieux, Lev Levitsky, Matteo Pilz, Timo Sachsenberg, Florian Huber, Mingxun Wang, Pieter C. Dorrestein. "Unified and standardized mass spectrometry data processing in Python using spectrum_utils" Journal of Proteome Research 22, 625--631 (2023) doi:10.1021/acs.jproteome.2c00632。