spectrum_utils

spectrum_utils

高效处理和可视化质谱数据的Python软件包

spectrum_utils是一个开源的Python软件包,用于处理和可视化质谱数据。它通过USI机制从在线资源加载光谱,提供优化的处理操作,使用ProForma 2.0规范注释光谱片段,并支持生成高质量的自定义光谱图。适用于Python 3.10+版本,可通过pip或conda安装,为质谱数据分析提供了实用的解决方案。

spectrum_utils质谱数据处理Python包数据可视化质谱分析Github开源项目

spectrum_utils

conda PyPI 构建状态 文档

spectrum_utils 是一个用于高效质谱数据处理和可视化的 Python 包。

spectrum_utils 包含以下功能:

  • 使用通用谱图标识符(USI)机制从在线蛋白质组学和代谢组学数据资源加载谱图。
  • 经过计算效率优化的常见谱图处理操作(前体离子和噪声峰去除、强度过滤、强度缩放)。
  • 使用 ProForma 2.0 规范对(修饰的)肽段形式的观测谱图片段进行注释。
  • 出版质量的、完全可定制的谱图绘制和交互式谱图绘制。

spectrum_utils 标志

安装

spectrum_utils 需要 Python 3.10+ 版本,可以使用 pip 或 conda 进行安装。

使用 pip:

pip install spectrum_utils[iplot]

使用 conda:

conda install -c bioconda spectrum_utils

文档

请查看文档以获取详细的安装说明、使用示例、API 参考和更多信息。

引用

spectrum_utils 作为开源软件在 Apache 2.0 许可下免费提供。

在使用 spectrum_utils 时,请引用以下文章:

  • Wout Bittremieux. "spectrum_utils: A Python package for mass spectrometry data processing and visualization." Analytical Chemistry 92, 659--661 (2020) doi:10.1021/acs.analchem.9b04884
  • Wout Bittremieux, Lev Levitsky, Matteo Pilz, Timo Sachsenberg, Florian Huber, Mingxun Wang, Pieter C. Dorrestein. "Unified and standardized mass spectrometry data processing in Python using spectrum_utils" Journal of Proteome Research 22, 625--631 (2023) doi:10.1021/acs.jproteome.2c00632

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