spectrum_utils
spectrum_utils 是一个用于高效质谱数据处理和可视化的 Python 包。
spectrum_utils 包含以下功能：
- 使用通用谱图标识符（USI）机制从在线蛋白质组学和代谢组学数据资源加载谱图。
- 经过计算效率优化的常见谱图处理操作（前体离子和噪声峰去除、强度过滤、强度缩放）。
- 使用 ProForma 2.0 规范对（修饰的）肽段形式的观测谱图片段进行注释。
- 出版质量的、完全可定制的谱图绘制和交互式谱图绘制。
安装
spectrum_utils 需要 Python 3.10+ 版本，可以使用 pip 或 conda 进行安装。
使用 pip：
pip install spectrum_utils[iplot]
使用 conda：
conda install -c bioconda spectrum_utils
文档
请查看文档以获取详细的安装说明、使用示例、API 参考和更多信息。
引用
spectrum_utils 作为开源软件在 Apache 2.0 许可下免费提供。
在使用 spectrum_utils 时，请引用以下文章：
- Wout Bittremieux. "spectrum_utils: A Python package for mass spectrometry data processing and visualization." Analytical Chemistry 92, 659--661 (2020) doi:10.1021/acs.analchem.9b04884。
- Wout Bittremieux, Lev Levitsky, Matteo Pilz, Timo Sachsenberg, Florian Huber, Mingxun Wang, Pieter C. Dorrestein. "Unified and standardized mass spectrometry data processing in Python using spectrum_utils" Journal of Proteome Research 22, 625--631 (2023) doi:10.1021/acs.jproteome.2c00632。
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