医学（影像）数据集列表

我主要将此列表作为个人的有趣医学数据集记录，重点关注医学影像。 与其尝试对数据集进行分组/聚类，我将尝试为每个数据集维护一组关键词。 查看提交日志以了解随时间推移的添加内容。

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免责声明：请记住要解决真正的临床问题 ☺

我们处理的数据集

Neurite-OASIS

来自OASIS数据集的414个T1 MRI，使用FreeSurfer和SAMSEG处理 包括原始图像，以及处理后的体积和生成的解剖分割图 关键词：大型、MRI、分割、标签、注释、已处理

SynthStrip

来自622个MRI、CT和PET扫描的完整头部图像和真实脑部掩模 包括不同对比度、分辨率和人群（从婴儿到胶质母细胞瘤患者）的MRI扫描概览 还包括部分图像的解剖分割图 关键词：大型、多样化、多模态、脑部掩模、分割、脑提取、颅骨剥离

主要医学影像列表

CheXpert

65,240名患者的224,316张胸部X光片，带有报告标签 关键词：超大型、X光、标签

ChestXray-NIHCC

100000张放射线照片 关键词：超大型、X光、标签

MIMIC-CXR

与227,943项影像研究相关的371,920张胸部X光片 2019年3月16日：尚未与MIMIC ICU数据链接。参见新闻文章 v2：自由文本放射学报告 需要申请访问权限 关键词：超大型、X光、标签

PadChest

来自67,000名患者的160,000张图像，由放射科医生解读和报告 标记有174种不同的放射学发现、19种鉴别诊断和104个解剖位置，组织为分层分类，映射到标准统一医学语言系统（UMLS） 关键词：超大型、X光、标签

IBM Xray Eye Gaze

MICMIC-CXR数据库上1000多个眼动、放射学报告、口述、分割数据集 代码可重现实验 关键词：中型、X光、标签

Cancer Image Archive

多个集合 大量各种类型的图像，包括CT、MR、病理学、PT，附带诊断 关键词：超大型、CT、MR、标签

National Lung Screening Trial

Cancer Imaging Archive的一部分 50000多名患者的CT数据，部分病理学，有限可用 关键词：超大型、CT、标签

DeepLesion

32000多个CT扫描，带有注释、元数据、来自放射学报告的语义标签 关键词：超大型、CT、标签

EchoNet-Dynamic

10,000多个带标签的超声心动图视频和人类专家追踪 关键词：超大型、超声、标签

ABCD Neurocognitive Prediction Challenge

8500名年轻（9-10岁）受试者的MRI（约4100用于训练） 关键词：大型、MRI

AAPM Sparse-View CT Reconstruction Challenge

4,000对模拟的2D乳腺CT正弦图/图像对 关键词：大型、CT、重建

Cross-Sectional Multidomain Lexical Processing

两个关于阅读和语言发展的大规模神经影像数据集 超过3000个MRI、fMRI 文章 | 更多资源 关键词：大型、MRI

MRNet

1,370次膝关节MRI检查，带有诊断（健康/ACL撕裂/半月板撕裂） 关键词：大型、MRI、标签

fastMRI

k空间数据 1500个完全采样的膝关节MRI和10K临床MRI，以及6.5K脑部MRI。 作为挑战赛的一部分 关键词：大型、MRI、k空间

OCMR

开放获取的多通道k空间心血管磁共振成像数据集 k空间数据，约250个体积 关键词：中型、MRI、k空间

PREVENT-AD

1704个MRI，556个淀粉样蛋白和tau脑脊液样本，血液标志物，遗传信息和约400名高风险个体的纵向认知数据 关键词：中型、MRI、遗传学、标签

Medical Segmentation Decathlon

10个带有分割的医学图像数据集 来自不同来源的2000多张各种器官的CT和MR图像 关键词：中等规模、MRI、分割

MASSIVE

结构成像验证和评估的多重采集标准化 8000个扩散加权体积 单个健康受试者的10个3D FLAIR、T1加权和T2加权数据集 关键词：大规模、MRI

AOMIC：阿姆斯特丹开放MRI集合

1000多个fMRI和其他模态受试者，带有注释事件文件；原始和预处理数据 关键词：中等规模、fMRI

MRIdata

MRI k空间数据集列表

癌症影像档案：LDCT

601系列CT投影数据、重建图像和临床数据报告 关键词：中等规模、CT、重建

脑部MRI LGG FLAIR异常分割

脑部MRI图像及手动FLAIR异常分割掩模 来自TCIA LGG集合的110个低级别胶质瘤病例 关键词：中等规模、脑部、MRI、分割、LGG、FLAIR

Studyforrest

受试者数量少，但模态多样（T1、T2、SWI、血管造影、DWI，在3T观看《阿甘正传》时的fMRI（音频+视觉+眼动追踪+生理）和7T（仅音频+生理），一些音频任务和其他重要视觉任务） 关键词：小规模、多模态

肺部图像数据联盟

LIDC-IDRI包含诊断和肺癌筛查CT。 1018个病例，部分有放射科医生注释/分割和结节计数 也可通过肺结节分析（LUNA）挑战赛获取 关键词：大规模、CT、标签

乳腺癌MRI数据集

922名乳腺癌患者的公开数据，可用于机器学习和临床研究。 包含乳腺MRI、临床、人口统计、病理、治疗、结果和基因组数据以及图像注释（位置）和特征。 关键词：大规模、MRI、标签

UK Biobank

所有影像 眼底成像 关键词：超大规模

OpenOrganelle

使用Janelia开发的增强型聚焦离子束扫描电子显微镜（FIB-SEM）技术获取的高分辨率组织尺度体积电子显微镜（vEM）数据集。伴随这些EM体积的是细胞内亚结构的自动分割和分析。 关键词：超大规模、电子显微镜、分割

BrixIA：COVID19严重程度评分评估数据库

4703张COVID19患者的胸部X光片，手动注释Brixia评分 关键词：大规模、X光、新冠

COVID-CT

从几篇COVID19相关论文中收集的349张CT图像 图像说明 关键词：中等规模、CT、新冠

肺炎X光

约5000张X光片 关键词：中等规模、X光、肺炎

医学影像数据资源中心（MIDRC）

361名COVID阳性患者的998次胸部X光检查。 带有外观分类和气腔疾病分级的注释 临床变量 关键词：大规模、X光、新冠

BIMCV-COVID19

1350多张X光片，150多张CT，800个诊断 关键词：中等规模、CT、新冠

MosMedData Covid19

1000多张COVID19患者的CT 50张按像素注释 关键词：大规模、CT、新冠、分割

COVID-19肺部CT病变分割挑战赛

约250张SARS-CoV-2 RT-PCR阳性的胸部CT，带有COVID-19病变注释 关键词：中等规模、CT、新冠、注释、分割

MedSeg COVID-19 CT

约100张分割的CT切片 关键词：中等规模、CT、分割、新冠

COVID-胸部X光

约150张X光片，持续更新，部分医院数据 关键词：中等规模、X光、新冠

BSTI COVID19

持续更新，上次检查时约60名患者，CT 论文PDF 关键词：中等规模、CT、新冠

叙事性功能磁共振成像

345名受试者、891次功能扫描，以及27个不同时长的多样化故事，总计约4.6小时的独特刺激（约43,000字）。 Nature论文 关键词：中等规模，功能磁共振成像

RICORD

1000张X光片和240张CT扫描，附带标注（论文） 关键词：大规模，CT，新冠肺炎，分割

FIRE（眼底图像配准数据集）

129张视网膜图像。 关键词：小规模，眼底

DRIVE：用于血管提取的数字视网膜图像

40张带分割的视网膜图像 关键词：小规模，视网膜，分割

FLARE：快速低GPU内存腹部器官分割

来自11+个国家的500多次CT扫描，包含腹部器官分割（肝脏、肾脏、脾脏和胰腺） 关键词：大规模，腹部，CT

ADNI

各种成像（纵向MRI）、遗传学、临床数据 数千名患者 关键词：大规模，MRI，遗传学，临床

VISCERAL

约120个图像卷（全身CT和MRI图像） 超过1900个已标注的解剖结构 关键词：中等规模，MRI，CT，全身，手动分割

Mindboggle

似乎有101个手动标记的大脑MRI 关键词：中等规模，MRI，大脑，手动分割

跨部门词汇处理横断面研究

3000次脑部扫描（T1w、bold、事件） 标准化测试、分数、人口统计学 关键词：大规模，MRI，功能磁共振成像，测试

杜克乳腺癌筛查DBT

来自5,060名患者的数字乳腺断层合成图像精选数据集。 关键词：大规模，断层合成，DBT，乳腺，检测

CBIS-DDSM（DDSM的精选乳腺影像子集）

2600多项扫描胶片乳腺摄影研究 关键词：大规模，X射线

Neuromorphometrics

63次手动标记的脑部扫描。 费用（$1500？） 讨论 关键词：中等规模，MRI，大脑，手动分割，收费

自动非刚性组织学图像配准

这是ISBI2019的一项挑战

7特斯拉静息态功能磁共振成像

22名参与者，包括认知和生理测量，以及7T静息态功能磁共振成像

SpineWeb

跨多个数据集的200多名受试者（CT、X射线、MRI）

先天性心脏病3D心血管MRI中的全心脏和大血管分割

20例先天性心脏病心脏MR图像

儿童纵向神经影像学

论文 约50名儿童（约10岁），单次随访，包括MRI、功能磁共振成像和评估 关键词：中等规模，功能磁共振成像，纵向

儿童算术处理纵向神经影像学

论文 3T功能磁共振成像，132名典型发育儿童，2个时间点，4项任务 关键词：中等规模，功能磁共振成像，纵向

叙事

汇集了大约七年时间内获得的听觉故事聆听功能磁共振成像数据集 关键词：中等规模，功能磁共振成像

ATLAS：卒中后病变的解剖追踪

229次T1加权MRI扫描（n=220），带有病变分割 MNI152标准空间T1加权平均结构模板图像 包含病变元数据的.csv文件 论文 关键词：中等规模，MRI，分割

MITOS_WSI_CMC

21张犬乳腺癌全扫描图像。 由2/3名专家标注 关键词：小规模，2D，全扫描成像

FeTA数据集

48次手动标注的子宫内胎儿MR 关键词：小规模，MRI，胎儿，标签

SIMON

单个志愿者，在多个地点进行了73次扫描，时间跨度约17年 MRI,每次至少进行T1扫描,其他模态因会话而异。 提供表型文件 关键词:小规模,MRI,纵向研究

BigBrain

单个体积,组织学空间,100微米分辨率,包含灰质/白质表面和皮层层 ftp://bigbrain.loris.ca | 交互式 关键词:小规模,组织学,高分辨率,分割

100微米人脑MRI

单个体积,超高分辨率MRI数据集(100微米) 关键词:小规模,MRI,大脑

自然场景数据集(CMRR计划)

8名受试者大规模fMRI(40次会话,高采样率,高分辨率)。T1加权,T2加权,T2*加权MRI 视频描述 关键词:小规模,MRI,大脑,fMRI

大脑目录

不同动物的(离体)大脑MRI或大脑 关键词:小规模,MRI,大脑,动物

多壳层扩散

健康旅行成年人的三次扩散 关键词:小规模,MRI,扩散,大脑

产前MRI

产前大脑MRI样本(似乎是单个受试者?) 关键词:小规模,MRI,胎儿

BCNB:早期乳腺癌粗针活检全扫描图像数据集

1058张全扫描图像(WSIs)及相应的临床特征 部分肿瘤区域在WSIs中已标注 临床特征包括年龄、肿瘤大小、肿瘤类型、ER、PR、HER2、HER2表达、组织学分级、手术、Ki67、分子亚型、淋巴结转移数量和ALN状态 论文参考 关键词:大规模,乳腺癌,多模态,WSI,临床特征

BCI:乳腺癌免疫组织化学图像生成数据集

4870对配准的HE-IHC图像对,涵盖HER2的四个表达水平(0、1+、2+、3+) 关键词:大规模,乳腺癌,HE,IHC

非影像

PhysioNet / 基于MIMIC-CXR的肺水肿严重程度分级

该数据集基于MIMIC-CXR整理,包含3个元数据文件,其中包含通过不同方式从MIMIC-CXR数据集中提取的肺水肿严重程度分级:1)通过正则表达式(regex)从放射学报告中提取,2)由专家从放射学报告中标注,3)通过胸部X光片的共识标注 关键词:肺水肿,严重程度分级,胸部X光,放射学报告,MIMIC-CXR

PhysioNet / 2019年计算心脏病学挑战赛

预测ICU人群中的脓毒症 来自三个不同医院系统的5000名ICU患者

eICU-CRD

详细记录了美国200多家医院超过200,000次重症监护入院的信息 获得MIMIC访问权限后,可在签署更新的数据使用协议后立即访问eICU-CRD 论文

非医学但有用/有趣

时刻

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