OpenCRISPR

本仓库包含OpenCRISPR的发布版本，这是由Profluent Bio设计的一套免费开放的基因编辑系统。

发布版本

常见问题

什么是OpenCRISPR-1？ OpenCRISPR-1是一种由人工智能创建的基因编辑器，由Cas9类蛋白和引导RNA组成，完全使用Profluent的大型语言模型（LLMs）开发。OpenCRISPR-1蛋白保持了II型Cas9核酸酶的典型结构，但与SpCas9或任何其他已知的CRISPR相关蛋白相比有数百个突变。您可以将OpenCRISPR-1视为许多需要具有NGG PAM的cas9类蛋白的协议的即插即用替代品，甚至可以将其与经典的SpCas9 gRNA一起使用。OpenCRISPR-1可以以去活化或切口酶形式融合，用于下一代基因编辑技术，如碱基编辑、引物编辑或表观基因组编辑。更多详情请参阅我们的预印本。

为什么你们免费发布OpenCRISPR —— 有什么隐藏条件吗？ 没有隐藏条件。OpenCRISPR对获得许可的任何用户都可免费用于商业用途。在一个基因编辑技术因各种原因难以被研究人员和患者获取的世界里，我们觉得有必要将公司使命付诸行动，发布我们高产蛋白设计引擎的一些副产品，以促进基因编辑行业的更多发现。对于需要进一步定制和扩展OpenCRISPR或其他系统功能的合作伙伴，我们提供高度接触的合作模式。

你们真的不要求任何回报吗？ 除了遵守我们的使用条款外，我们恳请您允许我们承认您是用户，并在使用OpenCRISPR的任何产品进入临床或商业阶段时告知我们。

你们对OpenCRISPR申请了知识产权吗？ 是的。

如果OpenCRISPR真的是开源的，为什么我还需要签署许可协议？ 序列可通过预印本自由获取。我们考虑了许多因素，以使获取OpenCRISPR尽可能无障碍和轻量化；其中最重要的是确保其道德和安全使用。因此，如果OpenCRISPR用户希望将该分子用于商业治疗用途，我们要求他们签署一份简单的许可协议，其中包括仅将该工具用于道德目的的义务，以及其他使用条款。

许可包括什么？ 当前版本包括OpenCRISPR-1的蛋白序列以及兼容的人工智能生成的gRNA，不过它也与经典的Cas9 gRNA兼容。

未来会有更多OpenCRISPR版本发布吗？ 敬请期待……

你们提供操作协议吗？ 请参阅我们在bioRxiv上的预印本，了解一般协议，以及随序列发布附带的readme协议。其他通用的编辑酶协议也应该兼容。

有什么方式可以与Profluent分享我使用OpenCRISPR的经验吗？ 我们非常欢迎有关OpenCRISPR的任何反馈，尤其是在使用系统时分享任何观察结果。如果您发现某些属性可以针对您的特定需求进行更改或改进，请联系我们！

OpenCRISPR很有趣，但我有更多需求；Profluent能提供什么？ 我们愿意合作迭代和定制人工智能设计的解决方案，以完美匹配您的特定治疗应用。这包括定制基因编辑器、抗体和更广泛的酶。请发送电子邮件至partnerships@profluent.bio。

许可

OpenCRISPR可供您免费用于研究和商业用途。为确保商业使用的道德和安全，我们有一份简单的许可协议，其中包括仅将该工具用于道德目的的义务，以及其他条款。请填写此表格以获取相关文件和后续步骤。

引用OpenCRISPR

如果您在研究中使用OpenCRISPR，请引用以下预印本：

@article{ruffolo2024design,
  title={Design of highly functional genome editors by modeling the universe of CRISPR-Cas sequences},
  author={Ruffolo, Jeffrey A and Nayfach, Stephen and Gallagher, Joseph and Bhatnagar, Aadyot and Beazer, Joel and Hussain, Riffat and Russ, Jordan and Yip, Jennifer and Hill, Emily and Pacesa, Martin and others},
  journal={bioRxiv},
  pages={2024--04},
  year={2024},
  publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}
}