Spektral：基于Keras和TensorFlow 2的图神经网络框架

spektral

Spektral简介

Spektral是一个基于Keras API和TensorFlow 2的Python图深度学习库。它的主要目标是为创建图神经网络(GNNs)提供一个简单但灵活的框架。通过Spektral，研究人员和开发者可以轻松构建用于处理图结构数据的深度学习模型。

Spektral logo

Spektral可以应用于多种图数据任务,例如:

社交网络用户分类
分子性质预测
使用GAN生成新图
节点聚类
链接预测
以及任何其他涉及图数据的任务

主要特性

Spektral实现了一些最流行的图深度学习层,包括:

图卷积网络(GCN)
切比雪夫卷积
GraphSAGE
ARMA卷积
边条件卷积(ECC)
图注意力网络(GAT)
近似个性化传播神经预测(APPNP)
图同构网络(GIN)
扩散卷积

除此之外,Spektral还提供了多种图池化层,如MinCut池化、DiffPool、Top-K池化等。

Spektral还包含许多用于表示、操作和转换图的实用工具,可以在图深度学习项目中使用。

安装与使用

Spektral兼容Python 3.6及以上版本,并在最新版本的Ubuntu、MacOS和Windows上进行了测试。

最简单的安装方法是通过PyPI:

pip install spektral

要从源代码安装Spektral,可以运行:

git clone https://github.com/danielegrattarola/spektral.git
cd spektral
python setup.py install

在Google Colab上安装Spektral:

!pip install spektral

新版本特性

Spektral 1.0版本是该库的一个重要里程碑,带来了许多新功能和改进:

新的Graph和Dataset容器标准化了Spektral处理数据的方式
新的Loader类隐藏了创建图批次的复杂性
新的transforms模块实现了各种常见的图操作
新的GeneralConv和GeneralGNN类可以构建通用模型
新增QM7和ModelNet10/40数据集,以及OGB数据集的新包装器
对库结构和依赖进行了大幅清理
新的示例和教程

应用案例

Spektral可以应用于多种图数据任务,例如:

社交网络分析:可以用来对社交网络中的用户进行分类,发现社区结构,预测用户行为等。
生物信息学:可以用于蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,预测新的蛋白质功能等。
化学与材料科学:可以用来预测分子性质,设计新分子,分析晶体结构等。
推荐系统:可以构建基于图的推荐模型,捕捉用户-项目交互的复杂模式。
交通预测:可以建模城市交通网络,预测交通流量和拥堵情况。
欺诈检测:可以在金融交易网络中识别异常模式和潜在的欺诈行为。
知识图谱:可以用于知识图谱补全、实体对齐等任务。

这些应用展示了Spektral在处理各种复杂网络和图结构数据方面的强大能力。

代码示例

以下是使用Spektral构建简单GCN模型的示例代码:

from spektral.layers import GCNConv
from spektral.models import GCN

# 创建GCN模型
model = GCN(n_labels=10,
            channels=16,
            activation='relu',
            dropout=0.5)

# 编译模型
model.compile(optimizer='adam', loss='categorical_crossentropy')

# 训练模型
model.fit(loader.load(), steps_per_epoch=loader.steps_per_epoch)